Gestion :
La Municipalité des Îles Egadi (à Favignana) est responsable de la gestion des MPA donc le maire des Îles Egadi est le Président de la MPA, Salvatore Livreri Console, direttore@ampisoleegadi.it
Le personnel de l’AMP se compose de 15 employés annuels, soutenus par du personnel saisonnier qui implique des stages universitaires et des instituts de recherche (tels que Conisma, ISPRA, Enea, CNR, etc.), bénévoles des associations environnementales (telles que le WWF, Marevivo, etc.). En décembre 2016, l’organisme de gestion de l’AMP a été désigné par la Région sicilienne pour gérer le site et élaborer un plan de gestion, dans le but de décrire les caractéristiques naturelles et de réglementer les activités humaines. Un plan de construction réglementant les travaux de construction est également en voie d’achèvement.