Spécificité et importance :
L’AMP se caractérise également par la présence d’habitats et d’espèces typiquement méditerranéens. Comme Posidonia oceanica et Cymodocea nodosa meadows qui peuvent être affectés par l’augmentation de la turbidité des eaux. Les mollusques sont répandus chez des espèces comme la pieuvre (Octopus vulgaris) et la seiche (Sepia officinalis) chez certains gastéropodes. Dans cet environnement, il y a la grande nacre Pinna nobilis, qui atteint des tailles considérables. L’habitat coralligène se développe également dans les zones de faible luminosité. Parmi les espèces Mesophyllum lichenoides, Lithophyllum incrustans, Peyssonnelia squamaria et Peyssonnelia rubra.
Les ravins et les grottes sont également nombreux avec des tailles différentes dans la MPA de Portofino. De nombreux poissons s’approchent de la côte, tels que les anchois (Engraulis encrasicolus), le crapaud-aiguille (Belone belone) et le mulet, qui sont chassés par les grands poissons tels que la sériole (Seriola dumerili) et le thon (Thunnus thynnus). Il ne manque pas de requins tels que les raies pastenagues, les aigles de mer et, à l’occasion, les raies manta (Mobula mobular). Dernièrement, les tortues caouannes (Caretta caretta) fréquentent de plus en plus l’AMP.