Caractéristiques physiques :
Les îles Habibas sont composés de deux îlots principaux et de plusieurs rochers, qui couvrent 40 ha en superficie terrestre. La zone marine de l’aire protégée couvre 2684 ha. D'un point de vue géologique et sédimentaire, elles sont constituées par des roches volcaniques et des sédiments calcaires (vases calcairo-argileuses) tapissant le pourtour des îles. Le plateau des îles Habibas comporte des vases mixtes à coquiller qui se localisent sur les fonds circalittoraux de la plate-forme où elles s'insèrent entre les sédiments organogènes à coquiller du large et les sables détritiques de la bordure littorale. Ces vases mixtes à coquiller sont composées de débris bioclastiques, d'algues calcaires, de Lamellibranches, de Gastéropodes, d'Echinodermes, de Foraminifères, de débris terrigènes, de pelites. La côte au sud des Habibas, très découpée, comporte une succession de caps (d'est en ouest, cap Linldès, cap Nègre, cap Blanc appelé aussi Sigale, cap Figalo).